在完成175米蓄水，进入正常运行期后，加强对三峡水库的综合管理显得异常重要，然而因为对管理体制缺乏设计，导致三峡水库后期管理障碍重重。
第十一届全国政协委员、重庆市监察局副局长杜黎明在一份《关于明确三峡水库管理的法律支撑和管理体制的建议》的提案中提出，随着三峡水库管理重点由保障三峡工程建设为主向确保水库安全运行、保护生态环境、实现库区经济社会全面协调可持续发展转变，三峡水库后期管理面临的矛盾和问题将更加突出。
三峡库区管理体制弊端
早在2004年4月，国务院办公厅就印发了《关于加强三峡工程建设期三峡水库管理的通知》（国办发﹝2004﹞32号），参照三峡移民工作管理体制，明确了三峡工程建设期水库管理实行由“中央统一领导、国务院有关部门监督指导、湖北省和重庆市具体实施”的体制。
但是，随着三峡蓄水的逐步完成，该办法实施期限已经到期。而且，由于法律层级不高，面对跨越湖北、重庆两省市的区域利益交错，以及涉及水利、移民、国土、林业等多个部门之间的利益交错和关系复杂的实际情况，国办发﹝2004﹞32号文件能发挥的作用实际上非常有限。
杜黎明以重庆库区为例，三峡水库管理涉及19个部门，工作内容近40项，尽管现行体制对各部门分工有明确规定，但实际上存在着“九龙治水”、多头管理、趋利避责等问题，已影响了水库管理的效果。
曾在重庆库区万州、开县等地调查发现，环保部门要求对三峡库区所形成的175米线下形成的消落带进行封闭管理，而移民局或国土局却无所顾忌地制定起消落带农业开发计划。在包括消落带治理等多方面的环保工程建设中，移民局、林业局、环保局等多个部门都在各自为政，为申请经费而奔波。
而坝区和库区沟通协调上往往也不到位，在去年年末在开县采访时就发现，位于坝区的三峡总公司在时断时续地进行蓄水，而正在建设消落带防护工程的开县却并不知道具体蓄水进度，最终导致该工程还未建成就被淹没。
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