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独家专访:面对质疑的韩春雨

2016年10月18日 09:49 来源于 财新网
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任由争议无序发酵下去,显然将有损科学的严肃,不利于中国科学生态的健康发展

  七

  今年5月第一次看到韩春雨等人的论文时,约翰·范德欧斯特(John van der Oost)感到既惊讶又激动。

  荷兰瓦赫宁恩大学(Wageningen University)的微生物学家范德欧斯特是世界范围内最早开始研究CRISPR领域的科学家之一,与麻省理工学院博德研究所的张锋和加州大学伯克利分校詹妮弗·杜德纳(Jennifer Doudna)均有过合作。2014年,范德欧斯特与合作者首先报道了嗜热细菌T.thermophilus的Ago(TtAgo)具有在5’端磷酸化短单链DNA片段引导下切割靶DNA的能力;2015年,他的实验室又报道嗜热古菌P.furiosus的Ago(PfAgo)也具有类似的能力。不过,这些Ago的来源都是嗜热菌,这决定了它们只能在高温环境下(65摄氏度以上)进行反应,而无法应用到哺乳动物的细胞系统。

  韩春雨团队有关NgAgo的发现也正是建立在范德欧斯特小组2014年工作的基础之上。

  “我们对他们发表的切割活性感到很惊讶,因为这与我们以前观测到的其它细菌中的Argonaute(简称Ago)蛋白的活性并不同。”8月1日,在给《知识分子》的回复中,范德欧斯特说,他的实验室正在尝试利用NgAgo进行基因编辑,但还没有结果。

  9月9日,范德欧斯特在给《知识分子》的回复中说,“我们将在下一周得到更多结果。”

  10月6日,当《知识分子》进一步询问范德欧斯特关于NgAgo的实验进展时,他说:到目前为止,我们无法再现NgAgo蛋白的活性。在第二天的回复中,他补充说,他的实验室还没有放弃NgAgo,仍然在试图利用NgAgo在体外切割(DNA)片段和质粒,但是,“到目前为止,我们无法重复刊发的数据”。

  “一开始,我对论文感到非常激动,现在我有些怀疑。如果韩教授能够置评一下就好了。”范德欧斯特说。

  

  国内一位要求匿名的生物学家今年6月开始尝试利用NgAgo编辑几种哺乳动物细胞系基因组中的基因。

  在经历过几个细胞系上的失败后,“我们观察到针对绿色荧光GFP基因的NgAgo处理的人iPS细胞(基因组内有预先嵌入的绿色荧光GFP基因)有一些细胞绿色荧光降下来了。这个结果不奇怪,因为很多组发现Ngago系统有敲低现象,而没有基因组编辑”。

  经过深度测序,他发现Indels有存在,但是效率比Cas9低数倍,“而且发生的位置也很奇特”。 “第一,同组相应位点有Cas9的正对照,而且负对照组没有Indel出现,虽然可能性不大但是从科学严谨的角度,我们仍然担心可能存在Cas9系统污染到Ngago组的情况;第二,我们也担心我们当时的生物信息学的分析方法不够好,原因是我们第一轮扩增的时候,没有用带Barcode(单分子标签,指一种在测序文库建立过程中加入的DNA序列,用于在后续分析中唯一确定测序模板的来源)的引物,所以我们不能确定每个拷贝携带Indel的序列从哪里来”。

  10月10日,这位科学家告诉《知识分子》,正是因为实验上的这些疑点让他目前不能给出任何确切结论。

  “我们刚开始的想法很简单,在iPS细胞里做点编辑,验证这个Ngago系统是否和Cas9一样,就结束这个项目”。没想到的是,在与同行的交流中,他得知有大量的实验室无法重复出韩春雨论文实验的结果。

  目前,这位生物学家的实验室正在进行新的一轮测试,“将采用更严格的测序方式,希望这次基本能够告诉我们上一次看到的是不是真的”。

  “最开始做这个是希望中国原创的东西真的好用,到现在这个程度,基本上就变成了我们出于想知道这个事情到底是怎么回事,心理上有个交代。这是现在唯一的motivation(动力),毕竟也耗费不少时间和精力。”他说。

  九

  对于NgAgo可重复性的争议,国际学术期刊《细胞研究》(Cell Research)常务副主编李党生博士8月1日向《知识分子》表示,鉴于这篇论文及其所报道成果的受关注程度,论文的作者应尊重试图重复过这个实验的科学家们提出的疑问,尽可能帮助科学共同体消除疑问。

  李党生介绍了国际期刊对于争议性研究的一般处理模式。

  一是如果论文确实存在严重问题,通常原作者会主动澄清错误,要求撤稿。

  还有就是其他人挑战原研究的主要结果,一般是以类似于"论文"的形式把挑战的文章提交到原论文发表的期刊。这类的挑战文章若通过了同行评议并得到发表,期刊也会邀请原论文的作者给出书面回应;通常原论文作者的回应会和挑战文章一起刊出。

  如果原论文的作者不想回应,期刊则单独刊发挑战的文章。无论回应与否, 这类挑战文章的刊出会提醒科学共同体注意相关研究结果或结论存在争议的事实。

  李党生说,科学上的争议的最终解决只能靠科学共同体的进一步验证。

  李党生同时也表达了自己对于科学报道的看法。他认为,无论是肯定一个研究还是否定一个研究,都要小心审慎。

  “一个新的研究成果刚发表出来,在未经进一步验证前就被肯定到了吹捧的地步,是科学不成熟的表现。”李党生说。

  他强调,报道新的研究,尤其是一个高度吸睛的研究成果,一定要审慎,因为所有的科学结果发表出来以后,都需要科学界的进一步验证。反之亦然,如果没有确凿的证据,仅通过媒体来质疑甚或"审判"一个经过同行评议的研究,“对原论文的作者来说恐怕也不见得公平”。

  “一个新的研究成果做出来,科学家和公众有批评的自由”,但是科学上的问题最后还是要由科学共同体来解决,而不是由媒体来评判,李党生强调说。

  10月12日,魏文胜告诉《知识分子》,包括他在内的多名科学家已经在汇总各自实验室测试NgAgo的实验数据,将在近期向《自然·生物技术》提交联署文章,反映无法重复或再现韩春雨实验结果的情况。

  一位来自北京某高校实验室的负责人也向《知识分子》介绍了其实验室在斑马鱼受精卵和细胞上尝试NgAgo失败的过程,但是他希望能够通过《自然·生物技术》直接交流,而不是通过媒体报道的方式解决这一争议。

  十

  10月14日,河北科技大学通过河北新闻发布了一份“关于舆论质疑韩春雨成果情况的回应”,声称“已经有独立于我校之外的机构运用韩春雨团队的NgAgo技术实现了基因编辑”,并“恳请社会各界提供和谐宽松的舆论环境和文化氛围,给予他们多一点支持、多一点时间、多一点耐心”。

  一位要求匿名的科学家告诉《知识分子》,对于韩春雨论文的可重复性争议,一个实验室或几个实验做出来或做不出来,都不能直接证明韩春雨的实验结果是否可重复。

  “一定要由第三方公正地去做检验”,他认为,韩春雨所在机构河北科技大学或经费资助方自然基金委都可以组织第三方进行调查,“一定要在第三方公正客观的监督之下,让所有人都信服”。

  然而,国家自然基金委很可能不是韩春雨实验的直接资助方。根据10月15日的《凤凰资讯》的报道,韩春雨论文的合作者、浙江大学研究员沈啸首次公开回应争议称,“按学术常规论文的所有作者都必须在论文的‘致谢’部分标明自己的基金来源。我标注了我的基金,韩春雨没有基金。但这个研究基本上是韩春雨通过各个渠道自筹的,我的资金没有投入实验部分。”

  10月13日,在接受《科技日报》采访时,中科院微生物所研究员、中科院院士高福说,众多科学家反映自己无法重复韩春雨论文中的实验,“韩春雨有义务、有责任帮助大家完成实验,包括公开他掌握的数据和实验过程。”他同时向《科技日报》表示,“河北科技大学和相关部门必须站出来展开调查。不论是韩国的黄禹锡事件,还是日本的小保方晴子事件,最终都是他们所在的学校和科研单位进行的调查,并公布调查结果。”

  截至目前,这一场巨大的学术争议事件的调查何时到来,如何进行,甚至是否会开始,各方仍莫衷一是,考验着科学共同体的神经。唯一可以确认的是,任由争议无序发酵下去,显然将有损科学的严肃,不利于中国科学生态的健康发展。

  徐可、叶水送、邓志英、赵亚杰、王承志、程莉、陈娉莹、王琦梦、魏朝博、吕浩然等对本文亦有贡献。

  主要参考文献:

  1.Gao F, Shen XZ, Jiang F, Wu Y, Han C. DNA-guided genome editing using the

  Natronobacterium gregoryi Argonaute. Nat Biotechnol. 2016;34:768–73.

  2.Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-editing intensifies,

  http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387

  3.  NgAgo: an exciting new tool for genome editing,Wang, H. Sci. Bull. (2016) 61: 1074. doi:10.1007/s11434-016-1117-8

  4.韩春雨就“重复实验失败“答科技日报记者问”http://digitalpaper.stdaily.com/http_www.kjrb.com/kjrb/html/2016-10/10/content_350936.htm?div=-1

  5.中青在线对12位科学家实名发声的报道,http://zqb.cyol.com/html/2016-10/11/nw.D110000zgqnb_20161011_5-01.htm

 

责任编辑:崔筝 | 版面编辑:卢玲艳
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